Bij vergistingsprocessen ontstaat biogas dat in hoofdzaak bestaat uit de componenten methaan (CH₄) en koolstofdioxide (CO₂), en in mindere mate ammoniak (NH₃) en zwavelwaterstof (H₂S). Zwavelwaterstof, ook wel waterstofsulfide (H₂S) genoemd, en ammoniak zijn ontvlambare, giftige gassen die ontstaan bij (na-)vergisten, maar ook voorkomen in water- en slibstromen zoals was- en spoelwater, percolaatwater en zuiveringsslib. Deze gassen vormen een potentieel gevaar voor de operators alsmede onderhoudspersoneel van de installaties en chauffeurs.

Hoewel vergisting plaatsvindt in gesloten systemen is enige diffuse emissie of ongewild vrijkomen van deze gassen niet altijd te vermijden. Het vrijkomen van verhoogde concentraties waterstofsulfide, ook boven de gezondheidskundige grenswaarde, is voorgekomen bij vergistingsinstallaties. De gasconcentraties worden in dat geval beperkt door te zorgen voor een goed werkende afzuiging en/of voldoende ventilatie in de bedrijfsruimte. Die moet adequaat zijn afgestemd op de bijzondere eigenschappen van de componenten: CO₂ en H₂S zijn zwaarder dan lucht en NH₃ en CH₄ zijn lichter dan lucht.

Wanneer biogas wordt gebruikt om met een WKK (installatie voor warmte-kracht-koppeling) elektriciteit en warmte op te wekken, gebeurt dit bij lage druk. Bij opwerking van biogas tot groengas (aardgaskwaliteit) wordt het biogas gewassen en onder hoge druk (8 tot 12 bar) gebracht, zodat het via het aardgasnetwerk kan worden verdeeld. In enkele gevallen wordt er ingevoed op het hoge druk gasnet. In dat geval brengt een extra compressor het groengas op een druk van rond de 40 bar.

Het in het biogas aanwezige CO₂ dat vrijkomt bij de opwerking van biogas naar groengas kan opgewerkt worden tot vloeibare bioCO₂, zogenaamd cryogeen CO₂. CO₂ heeft de capaciteit om zuurstof te verdringen, wat kan leiden tot zuurstofgebrek in besloten ruimtes. De lage temperatuur van cryogeen CO₂ veroorzaakt aanvullend gevaren. Enerzijds verouderen materialen versneld door verbrossing, wat kan leiden tot beschadiging van de installatie. Anderzijds zijn er ook veiligheidsrisico’s voor de persoon die met deze gassen werkt en voor de werkruimte. Mogelijke effecten zijn gasvorming, drukopbouw, omgevingstemperatuurdaling, bevriezing door vochtafzetting, en krimp van materialen. Daarnaast kan direct contact met een cryogeen leiden tot ernstige verwondingen, zoals bevriezing van huid of weefsels. Het omgaan met cryogene CO₂ vereist daarom niet alleen aandacht voor de chemische eigenschappen van het gas, maar ook voor de fysische effecten van de lage temperatuur om gevaarlijke situaties te voorkomen.